Nació en Altzayanca en 1864. Fue obrero en la fábrica textil "La Estrella" de Santa Ana Chiautempan. En 1906 fue vocal en la mesa directiva de la sociedad mutualista Unión y Trabajo, que se estableció en septiembre de ese año. Su activa participación en el incipiente movimiento obrero mexicano de principios de siglo, lo llevó a involucrarse en el movimiento obrero político de 1910 en contra de la dictadura porfirista.
Porfirio Bonilla, ferviente admirador de don Francisco I. Madero, observó la tibiesa de éste en la Presidencia de la República y la de Antonio Hidalgo en la gobernatura de Tlaxcala, quienes toleraban la influencia política que día con día ganaba la Liga de Agricultores, organización de los latifundistas de la entidad, cuyo principal propósito fue bloquear todo intento de cambio. Ante la insatisfacción de los revolucionarios tlaxcaltecas por el incumplimiento de los postulados del Plan de San Luis y la presión de los campesinos para que se fraccionaran las haciendas, Porfirio Bonilla, con Carlos Ledezma, Rafael Espinoza, Juan Andrew Almazán y Domingo Arenas, entre otros, funda la Junta Revolucionaria de Puebla y Tlaxcala, que presidía Antonio F. Zebada. Esta organización mantuvo contacto con el General Emiliano Zapata, del Ejército Libertador del Sur. La prisión y muerte de Francisco I. Madero, José María Pino Suárez y los acontecimientos de la decena trágica, demostraron que los revolucionarios tenían razón.
Por ello, ante la usurpación de Victoriano Huerta, Porfirio Bonilla y sus correligionarios se levantaron en armas en la montaña de La Malintzin, en apoyo al Plan de Guadalupe emitido por Venustiano Carranza, gobernador de Coahuila, llamando a desconocer a Victoriano Huerta. Firme ante la usurpación huertista, participó en el triunfo del constitucionalismo en todo el país. Atendiendo a los contenidos del Plan de Guadalupe se adhirió a la Convención Soberana de Aguascalientes y al gobierno que de ella emanó.
Fiel convencionista enfrentó el poder y el acoso de las fuerzas carrancistas. Con grado de coronel, Porfirio Bonilla murió en campaña en 1915, en un intento por romper un cerco que los carrancistas le habían tendido en San Bartolomé del Monte, municipio de Calpulalpan.